粪肥：含盐分较多，容易使土壤盐化；粪肥带有大量的病菌、虫卵，最易引发棚室内的病虫害；粪肥养分含量不稳定，不能做到合理补肥；粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
粪肥的优势在于：能够作为肥料施用于农田培肥土壤；经常施用粪肥也能提高土壤抗风化和水侵蚀的能力，改变土壤的通气和耕作条件，增加土壤有机质和有益微生物的生长。
劣势在于：过度使用未经无害化处理的粪便会危害农作物、土壤、地表水和地下水水质。在某些情况下(通常是新鲜粪便)有烧苗现象；大量使用粪便也能引起土壤中溶解盐的积累，使土壤盐分增高，植物生长受影响。
有机肥生产线生产的有机肥：商品有机肥改良土壤效果更迅速，若是土壤出现了不良状况，使用商品有机肥改良比粪肥更加快速。这是因为商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质；商品有机肥的养分配比更合理；商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。