微生物肥料是以木炭、褐煤等有机物为载体，吸收微生物菌剂后造粒而成的产品。其产品特点是耐高温性差，一般生长温度为20~40℃，当温度超过60℃80％微生物加入菌剂后，载体温度必须控制在50％℃此外，为了防止杂菌繁殖，载体应进行灭菌。换句话说，微生物肥料产品质量的关键是控制产品的有效活菌数量，产品生产过程的选择是影响产品有效活菌数量的重要环节。

微生物肥料生产工艺的关键是造粒方法的选择。目前，微生物肥料常用的造粒方法主要有两种（圆盘造粒和挤压造粒）。由于不同的造粒方法对原材料有不同的要求，生产工艺也会有所不同。通过对四种生产工艺（圆盘混合造粒、混合后挤压造粒、挤压造粒后喷洒细菌剂、分离造粒）的比较研究，得知微生物肥料的生产工艺最好选择圆盘分离造粒工艺。由于该工艺可以减少化肥对微生物菌剂的影响，首先将载体和细菌造粒，储存在中间料仓中，然后与载体和无机肥造粒后的颗粒混合。

其中使用的造粒设备一般为辊式挤压造粒机，因为辊式挤压造粒机采用物理挤压造粒，几乎不会产生机械加热，不会影响生物菌剂，无三废符合环保要求。